Pemeriksaan kesehatan yang dilakukan sebagai dasar pelaksanaan Pembinaan Kesehatan Jemaah Haji dalam rangka Istathaah Kesehatan Jemaah Haji dilaksanakan dalam tiga tahap antara lain:
Tahap Pertama, Pemeriksaan kesehatan dilaksanakan oleh Tim Penyelenggara Kesehatan di Puskesmas pada saat jemaah haji melakukan pendaftaran untuk mendapatkan nomor porsi. Pada tahap ini dilakukan identifikasi Risiko kesehatan untuk diatasi termasuk dengan pengobatannya dan perawatan.
Tahap Kedua, Pemeriksaan kesehatan dilaksanakan oleh Tim Penyelenggara Kesehatan Haji Kabupaten/Kota di Puskesmas dan/atau RS pada saat pemerintah telah menentukan kepastian keberangkatan jemaah haji pada tahun berjalan.
Tahap Ketiga, Pemeriksaan kesehatan dilaksanakan oleh PPIH Embarkasi Bidang Kesehatan di Embarkasi pada saat jemaah haji menjelang pemberangkatan.
Kantor Kesehatan Pelabuhan (KKP) yang merupakan PPIH Bidang Kekarantinaan Kesehatan di Embarkasi bertugas memberikan kepastian kesehatan pada jemaah haji dan untuk pencegahan penyakit menular terhadap jemaah haji yang lebih besar yang berasal dari berbagai negara di dunia. Selain itu juga melakukan penilaian jemaah haji laik terbang sesuai dengan peraturan penerbangan internasional.